Научная работа факультета сконцентрирована в направлении создания алгоритмов и программ для проведения информационно-аналитической работы, биометрических технологий безопасности с ежегодным объемом выполняемых исследований в среднем около 500 тыс. рублей. По результатам исследований публикуется порядка 40 статей в год, причем половина из них в центральной печати. Преподавателями издаются учебные пособия с грифом СибРОУМО, Минобразования России, публикуются монографии.

Научно-исследовательская работа факультета выполняется в рамках научного направления «Математическое моделирование и системный анализ, управление и обработка информации в промышленности и транспорте».

Ведется работа по открытию совета по защите диссертаций на соискание ученой степени доктора наук по специальностям 05.13.18 — Математическое моделирование, вычислительные методы и комплексы программ и  05.11.13 — Приборы и методы контроля природной среды, веществ, материалов и изделий.

В рамках разработки биометрических технологий безопасности информационных систем разработан программно-аналитический комплекс для дистанционной автоматической идентификации лиц, работающих в распределенной информационной сети. Алгоритмы идентификации построены на идее комплексирования решений, полученных в разных пространствах признаков, отражающих навыки работы с клавиатурой, характеристики личной подписи, особенности речи, параметры тремора. В разработках участвуют аспиранты, инженеры и студенты факультета. Под направление открыта аспирантура по специальности 05.13.01 — Системный анализ, управление и обработка информации.

Получило финансовую поддержку направление «Прогнозирование чрезвычайных ситуаций в технических и природных системах». Перечень систем ограничен магистральными нефтегазопроводами, нефтегазоперерабатывающими заводами, транспортными и водообеспечивающими секторами крупных городов. Идеология исследования для всех систем идентична: разрабатывается математическая модель объекта исследования, выявляются тенденции изменения показателей системы и на этой основе формируются прогнозы. Учеными кафедры Информационная безопасность издана монография: «Трубопроводный транспорт: нейтрализация новых угроз безопасности», в которой изложены методы нейтрализации и защиты информационных ресурсов.

Под направление открыта аспирантура по специальности 05.11.13 — Приборы и методы контроля природной среды, веществ, материалов и изделий.

В 2005 году определилось еще одно направление научной работы по проектированию систем управления базами моделей. По данному направлению выделено госбюджетное финансирование на 2006—2007 гг.